Lynderup Kirke ligger naturskønt på en ås i Hjarbæk Fjord, få hundrede meter fra den den herregård, hvis ejere gennem generationer har spillet en afgørende rolle for kirken eksistens.
I det kuperede terræn omkring Hjarbæk Fjord ligger Lynderup Kirke smukt hævet over landskabet. Kirkens historie er tæt knyttet til den nærliggende herregård, Lynderupgaard, som kirken i flere århundreder har hørt under. Fra kirkens tårnrum kan man stadig ane de røde tage fra herregården, som gennem årene er blevet stadigt bedre skjult af træerne